El Cejuv fue fundado por Manuel Rodrigo Zubillaga Vázquez, quien en esa época estaba a cargo de la Parroquia de la Asunción en la colonia Merced Gómez, en Mixcoac. Lo hizo en colaboración con Luis Leñero Otero, director del Instituto Mexicano de Estudios Sociales, A.C. (IMES).
Cejuv partió entonces de la visión de un presbítero-pastoralista, con estudios sociales, interesado en la pastoral juvenil de frontera y la educación popular; y, por otra parte, el enfoque de un sociólogo, investigador, catedrático, especialista en familia y juventud. Ambos se unieron en el diseño de un proyecto innovador que busca el acompañamiento de los adolescentes y jóvenes en su comunidad o entorno popular.
Conoce, escucha y acompaña a adolescentes y jóvenes en un proceso promocional de reconocimiento personal e integración social para tener una vida más digna.
Buscamos que los jóvenes encuentren un espacio en donde experimenten confianza y aceptación sin sentirse juzgados. Que haya una relación horizontal, cálida y amistosa.